Riêng đối với hộ nuôi tôm siêu thâm canh, việc xử lý nước thải, chất thải và bảo vệ môi trường trong nuôi tôm nước lợ siêu thâm canh, công nghệ cao thực hiện theo Quyết định số 05/2019/QĐ-UBND ngày 12/3/2019 của UBND tỉnh Trà Vinh về Ban hành Quy định về điều kiện nuôi tôm nước lợ siêu thâm canh, công nghệ cao trên địa bàn tỉnh Trà Vinh. Về xử lý nước thải, nước từ ao xử lý nước thải chỉ được xả ra môi trường khi bảo đảm các thông số kỹ thuật theo quy định hiện hành. Tùy theo diện tích của cơ sở nuôi có thể xử lý nước thải theo một trong 03 phương pháp: Phương pháp sinh học, nước từ ao nuôi xả vào ao chứa nước thải; trong ao chứa nước thải nuôi cá rô phi, cá đối, trồng cây cỏ thủy sinh,… kết hợp với xử lý vi sinh để lọc sinh học, áp dụng phương pháp tuần hoàn nước để tái sử dụng lại cho ao nuôi. Phương pháp hóa học, nước từ ao nuôi tôm xả vào ao chứa nước thải, sử dụng chất diệt khuẩn (thuốc tím, Chlorine, …) để tiêu diệt các vi sinh vật gây hại và làm giảm các thông số ô nhiễm hữu cơ. Lưu giữ nước trong ao chứa tối thiểu 07 ngày mới được tái sử dụng lại cho ao nuôi. Phương pháp cơ học là sử dụng cát, than hoạt tính,… để lọc cơ học, sau đó tái sử dụng lại cho ao nuôi.

Về xử lý chất thải, khuyến khích cơ sở nuôi xử lý chất thải bằng hệ thống Biogas; đối với chất thải như vỏ tôm, phân tôm, thức ăn dư thừa,…được xiphông đưa vào hố gas; vỏ tôm được thu gom và phải có nơi để xử lý hoặc làm thức ăn cho vật nuôi, phân bón cho cây trồng; phân tôm, thức ăn dư thừa được đưa vào hầm ủ Biogas để tạo khí đốt. Nước thải từ hầm ủ Biogas chảy tràn qua hệ thống ống dẫn nước đưa vào ao lắng xử lý sinh học trước khi thải ra bên ngoài hoặc tuần hoàn cấp vào ao nuôi, chất lượng nước đầu ra phải đảm bảo theo tiêu chuẩn quy định. Bùn thải trong quá trình nuôi phải thu gom, để đúng nơi quy định và xử lý tránh gây ô nhiễm cho vùng nuôi. phải giữ vệ sinh chung trong và ngoài khu vực ao nuôi. Rác thải trong sinh hoạt, bao bì của các sản phẩm sử dụng trong cơ sở nuôi phải được thu gom cho vào thùng chứa có nắp đậy, thùng chứa không được đặt trên bờ ao nuôi và ao chứa, lắng.

Đối với cơ sở nuôi có quy mô diện tích mặt nước nhỏ hơn 5.000 m2 thì không phải đăng ký thủ tục môi trường nhưng phải có biện pháp quản lý, công trình xử lý chất thải đảm bảo đạt quy chuẩn hiện hành trước khi thải ra môi trường. Đối với cơ sở nuôi có quy mô diện tích mặt nước từ 5.000 m2 đến dưới 100.000 m2 phải đăng ký kế hoạch bảo vệ môi trường trình cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, xác nhận theo quy định tại Thông tư số 27/2015/TT-BTNMT ngày 29/5/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường về đánh giá môi trường chiến lược, đánh giá tác động môi trường và kế hoạch bảo vệ môi trường. Đối với cơ sở nuôi có quy mô diện tích mặt nước từ 100.000 m2 trở lên cần lập báo cáo đánh giá tác động môi trường trình cơ quan có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt theo quy định tại Thông tư số 27/2015/TT-BTNMT ngày 29/5/2015.